Faktor alam berpengaruh pada hasil dan capaian kinerja petani. Diantaranya adalah persoalan air, iklim, kepemilikan tanah, juga faktor cuaca dan hama. Selain itu produtifitas petani kadang juga dipengaruhi oleh banjir, tanah longsor dan kekeringan. Kejadian tersebut tidak lepas dari gejala-gejala alam yang penting dipelajari petani.
Di jaman dahulu faktor cuaca dan iklim dipandang sebagai hal krusial bagi petani. Kerajaan Mataram contohnya memandang persoalan cuaca dan iklim sebagai faktor paling penting kaitannya dengan hajat hidup petani. Maka kerajaan kemudian meminta para ahli dan orang pandai untuk merumuskan kajian dan panduan bagi para petani. Lahirlah pranata mangsa. Pranata mangsa mengenai fenomena iklim, cuaca, hingga mengenali karakteristik dari tahun-tahun yang berjalan.
Maka dikenallah siklus-siklus yang kemudian dipahami dan dijadikan panduan bagi para petani hingga saat ini. Siklus paling pendek adalah sepasaran, yaitu siklus hari selama 5 hari. Kemudian tiga puluh lima hari yang dikenal dengan selapanan. Di atasnya ada siklus 3 bulanan yang dikenal dengan siklus labuh, rendeng, mareng dan ketigo. setelah itu ada siklus tahunan yaitu siklus 12 mangsa selama setahun.
Di tingkat lebih tinggi setiap tahun diberi penamaan berdasarkan karakteristiknya. Muncullah siklus 8 tahunan dan disebut Windu. Tahun-tahun tersebut adalah Tahun Alip, Tahun Ehe, Tahun Jimawal, Tahun Je, Tahun Dal, Tahun Be, Tahun Wawu, Tahun Jimakir. Setiap tahun diketahui memiliki karakter musim hujan, kemarau dan fenomena alam yang berbeda-beda. Ini penting untuk memilih jenis tanaman yang hendak ditanam dalam satu tahun. Selain itu pemilihan tanaman juga bisa memutus siklus hama.
Diantara yang disebut dalam pranata amngsa adalah faktor hama. Hama menjadi pengganggu tanaman petani sehingga dipandang perlu untuk pengendalian dan penanganannya agar tidak mengganggu tanaman di satu sisi namun juga tetap terjada keseimbangannya di alam. Hama terkendali namun alam tidak rusak. ada saat tertentu yang diikuti dengan perubahan perilaku binatang. Sehingga diantara binatang itu sebenarnya bisa menjadi predator bagi hama. Ular burung hantu dan kucing menjadi predator bagi tikus.
Hal serupa juga berlaku untuk hama wereng, sundep, belalang, ular gerek, walang sangit, burung emprit dan lain sebagainya. Setiap hama yang berwujud binatang tentu memilikui predator. Di air ada hama seperti kepiting, tikus, keong, dan lainnya. Keberadaan predator yang punah dan diburu menjadikan hewan-hewan yang dikenali sebagai hama tersebut meledak tak terkendali. Akibatnya mereka menghabiskan panenan petani dan bahkan merusaknya. Pemerintah perlu melakukan riset, studi dan penelitian serta memberdayakan petani, agar penanganan hama dan penyakit ini bisa berjalan baik.
Permasalahan pokoknya adalah saat ini persoalan cuaca, iklim, air, sungai dan segala hal terkait dengan petani justru dipisahkan dengan persoalan petani. Kebijakan pemerintah memisahkan pengelolaan sumber daya alam termasuk iklim dalam kotak-kotak yang tidak berpihak kepada petani. Kalau dahulu kerajaan memandang penting pengetahuan dan panduan mengenai cuaca dan iklim bagi petani sehingga dibuat kalender musim, pranata mangsa dan lain sebagainya, Saat ini situasinya berbeda. Petani dibiarkan berjuang sendiri terkait cuaca dan iklim. Persoalan dan urusan cuaca dan iklim lebih dipenting kan untuk militer, kelautan, penerbangan dan petani justru terabaikan dari sana. Petani seiring berpindahnya generasi gagap dan terkaget-kaget dalam membaca dan memahami cuaca dan iklim karena patokan mereka hanya siklus setahun, padahal dahulu patokannya paling tidak delapan tahun.
Persoalan lain yang berpengaruh pada petani adalah air. Air menjadi penting karena petani akan kesulitan bertani ketika ketersediaan air terganggu. lagi-lagi petani kemudian terpinggirkan dalam pengelolaan air. Tataguna air lebih berpihak pada peruntukan air minum, industri dan pabrik. Ketiga hal ini mengambil air nyaris tanpa henti, 24 jam dalam sehari, 12 bulan dalam setahun. Sementara petani butuh air ketika mereka menanam dan menyiram tanaman, bukan setiap saat. Walaupun begitu tetap saja petani terkalahkan dalam menggunakan air. Setiap tahun ribuan hektar lahan produktif harus menganggur selama musim kemarah karena tidak ada cukup air untuk bercocok tanam. belum lagi di beberapa tempat air pertanian tercemar limbah pabrik.
Di Salatiga umpannya air pertanian tercemar limbah yang dialirkan dari pabrik tekstil yang beroperasi di sana. aliran limbah seringkali tidak secara tuntas diolah di pengolah limbah. Sehingga limbah tersebut kemudian mengalir ke sungai dan mengairi sawah di bagian bawah. pertanian pun kemudian tercemar.